Основными научными подразделениями института являются лаборатории:
- специальной гигиены;
- гигиены окружающей среды;
- клиники профессиональных заболеваний и отдалённых последствий действия химических веществ;
- автоматизации массовых медицинских исследований;
- клинической и функциональной диагностики;
- общей токсикологии и гигиенического регламентирования;
- аналитической токсикологии;
- молекулярной токсикологии и экспериментальной терапии;
- экстремальной физиологии;
- химического моделирования;
- молекулярной биологии;
- химии пептидов;
- спортивной гигиены.
Выполнение работ сотрудниками данных научных подразделений осуществляется под руководством заведующих отделами и лабораториями.